Tên gọi dân sự của thầy cho đến nay vẫn chưa tìm thấy bút tích nào để lại. Căn cứ vào năm thầy tử đạo (1644), cha Đắc Lộ xác nhận lúc ấy thầy 19 tuổi, chúng ta biết được thầy đã chào đời năm 1625. Trong bức thư viết năm 1641, cha Đắc Lộ xác nhận: “Đúng 3 năm trước khi chết, mẹ thầy dẫn thầy đến cho tôi, và tôi được hạnh phúc rửa tội cho thầy”.[1] Như vậy, thầy được rửa tội năm 1641. Tên gọi Anrê Phú Yên là tên chính thức được Tòa Thánh công nhận, gồm tên thánh rửa tội và tên quê quán Phú Yên của thầy.
Trong chuyến trở lại Đàng Trong lần thứ hai (12.1640 - 07.1641), cha Đắc Lộ đã tận dụng cơ hội để thăm viếng các tín hữu Phú Yên. Anrê Phú Yên là một trong 90 người được cha rửa tội trong dịp tĩnh tâm bốn ngày liền tại nhà nguyện của bà Mađalêna Ngọc Liên công chúa trong thủ phủ của dinh Trấn Biên Phú Yên, nay còn lại di tích được gọi là Thành Cũ, thuộc thôn Bình Thạnh, xã An Ninh Tây, huyện Tuy An, cách nhà thờ Mằng Lăng chừng 1km đường thẳng về hướng Đông Bắc.
Năm 1642, Anrê Phú Yên khăn gói lên đường theo cha Đắc Lộ về Hội An. Tại trường “thầy giảng Hội An” do cha Đắc Lộ thành lập, Anrê được nhập đoàn với 9 người anh ưu tú trong cộng đoàn thầy giảng, Anrê là người em út. Anrê theo đuổi việc tu đức và học vấn nhưng không bỏ qua những việc cần làm để giúp đỡ người khác, như cha Đắc Lộ nhận xét về người học trò nhỏ của mình: “Người thầy không khỏe mạnh gì lắm, thế mà việc khó mấy trong nhà, thầy cũng làm luôn, nhiều khi lại làm quá sức mình; thầy quên mình để giúp kẻ khác”.
Ngày 25.07.1644, ông Nghè Bộ cho lính đến trụ sở Dòng Tên tại Hội An tìm bắt thầy Inhaxiô theo lệnh bà Tống Thị. Hôm ấy Cha Đắc Lộ và thầy Inhaxiô cùng với 4 thầy khác đang đi làm việc tông đồ, thầy Anrê Phú Yên ở nhà săn sóc 4 thầy trong nhóm đang bị bệnh. Toán lính không tìm thấy thầy Inhaxiô, thầy Anrê bạo dạn nói với toán lính: “Nếu các ông muốn bắt thầy Inhaxiô thì vô ích, vì Inhaxiô không có ở đây. Còn muốn bắt tôi thì rất dễ dàng, tôi là tín hữu, hơn nữa là thầy giảng. Tôi có cả hai tội mà các ông khép cho thầy Inhaxiô để bắt thầy ấy. Nếu thầy ấy có tội thì tôi làm sao vô tội được”.
Thầy Anrê quyết định để cho lính bắt thầy, có thể vì thầy nghĩ rằng: thầy là người em út trong nhóm thầy giảng, thầy có mất đi cũng không ảnh hưởng gì đến sinh hoạt và sự sống còn của nhóm. Trong khi nếu thầy Inhaxiô, người anh cả khôn ngoan, bản lĩnh, mất đi thì sẽ ảnh hưởng lớn đến cả nhóm. Cha Đắc Lộ là sư phụ, là linh hồn của nhóm, nhưng sự hiện diện của cha có tính cách bấp bênh vì lệnh trục xuất của ông Nghè Bộ có thể xảy ra bất cứ lúc nào. Do đó sự hiện diện của thầy Inhaxiô luôn luôn cần thiết cho anh em, cho công cuộc truyền giáo. Để cho lính bắt thầy như một "chiến lợi phẩm", điều đó có thể làm dịu đi việc truy tìm thầy Inhaxiô, đồng thời là tiếng chuông báo động để thầy Inhaxiô có thể trốn thoát.
Trong lúc tấn bi kịch xảy ra tại Hội An thì cha Đắc Lộ và các thầy giảng sắp vào dinh trấn thăm hữu nghị ông Nghè Bộ. Vừa lúc ấy, ý Chúa nhiệm mầu sai khiến ông Horace Massa, một thương gia người Ý chạy đến cấp báo cho cha Đắc Lộ biết sự việc xảy ra tại Hội An. Cha Đắc Lộ vội vàng cho các thầy giảng trở về tìm nơi ẩn núp, còn ngài đi gặp ông Nghè Bộ để can thiệp cho thầy Anrê. Nhưng ông Nghè Bộ nói với cha: "Anh ta thật bạo gan khi trả lời với tôi rằng anh ta là Kitô hữu và tôn thờ Chúa Tể trời đất và vì thế anh sẵn sàng hiến mạng sống và chấp nhận mọi hình phạt người ta muốn ra cho anh".
Vì lời tuyên xưng đức tin cách khẳng khái ấy, thầy đã bị kết án tử hình nhưng tâm hồn tràn ngập niềm vui. Thầy được cha Đắc Lộ giải tội và ban của ăn đàng rồi hiên ngang theo toán lính ra "Gò Xử", một gò hoang dành để xử tội các phạm nhân. Đi bên cạnh thầy, ngoài cha Đắc Lộ còn có nhiều tín hữu công giáo Việt Nam và ngoại quốc, cũng như đông đảo đồng bào không công giáo; mọi người đều cảm động trước thái độ can trường của thầy. Trên đường đi đến nơi hành quyết, thầy vẫn vui vẻ và luôn miệng khuyên bảo mọi người tin yêu Chúa Giêsu.
Cuộc tử đạo anh hùng của thầy diễn ra vào lúc hoàng hôn ngày 26.07.1644. Thầy bị đâm ba nhát giáo và bị chém hai nhát gươm. "Giêsu" là âm thanh cuối cùng phát ra từ môi miệng thầy trước khi đầu lìa xác. Nơi thầy bị xử ngày nay chỉ còn một gò đất nhỏ trong địa bàn giáo họ Phước Kiều, giáo xứ Hội An, Giáo phận Đà Nẵng.
Xác thầy được cha Đắc Lộ đưa về nhà cha ở Hội An, sau đó ít lâu được đưa về Ma Cao. Riêng thủ cấp của thầy được cha mang theo bên mình và sau đó đưa về đặt tại nhà Bề trên Tổng quyền Dòng Tên tại Rôma cho đến ngày nay.
Thầy giảng Anrê Phú Yên được Đức Giáo Hoàng Gioan Phaolô II tuyên phong Chân phước vào ngày 05.03.2000. Tại Đại hội Giới trẻ Thế giới lần thứ 17 ở Toronto, Canada (23-28.07.2002), Đức Gioan Phaolô II nêu Chân phước Anrê Phú Yên ở vị trí thứ hai trong số 10 vị thánh trẻ tiêu biểu làm mẫu gương cho cuộc sống.
Từ ngày thầy giảng Anrê Phú Yên được tuyên phong Chân phước, hằng năm Giáo phận Qui Nhơn kính trọng thể ngài vào ngày 26 tháng 07. Tại Hội Nghị thường niên ở Bãi Dâu (25-27.03.2008), Hội Đồng Giám Mục Việt Nam đã chính thức chấp thuận chọn ngày 26. tháng 07 làm Ngày Giảng viên Giáo lý Việt Nam.
Kinh
CHÂN PHƯỚC ANRÊ PHÚ YÊN
Thầy giảng Tử đạo
Thân lạy Chân phước Anrê Phú Yên,
là Người chứng thứ nhất của Giáo Hội Việt Nam
và của Giáo phận Qui Nhơn.
Chúng con rất vui mừng
vì Ngài đã được Hội Thánh tuyên phong
Chân phước trong Đại Năm Thánh 2000,
vì Ngài đã yêu mến Chúa Giêsu tha thiết,
đã nhiệt thành trong việc loan báo Tin mừng
và cuối cùng đã sẵn sàng hy sinh mạng sống
trong tuổi thanh xuân,
để “quyết một lòng trung nghĩa
với Chúa Giêsu cho đến trọn đời”.
Năm nay, trong khung cảnh Năm Thánh 2025,
chúng con hiệp nhau mừng 400 năm
sinh nhật của Ngài (1625-2025).
Chúng con khẩn khoản nài xin Ngài
chuyển cầu cùng Chúa cho Giáo phận Qui Nhơn
được bình an và phát triển,
cho mọi thành phần Dân Chúa,
cách riêng cho giới trẻ và các giáo lý viên,
biết sống thánh thiện
để làm chứng cho Chúa trước mặt mọi người.
Đặc biệt, chúng con tha thiết nài xin Ngài
chuyển cầu cùng Chúa cho chúng con một phép lạ
(thầm thĩ cầu nguyện riêng cho một người bị bệnh nặng vô phương cứu chữa),
để Tòa Thánh có thể tôn phong Ngài
lên bậc Hiển thánh,
nhờ đó tấm gương anh hùng Tử đạo của Ngài
càng có sức chiếu tỏa nhiều hơn
trong cuộc đời chúng con. Amen.
[1] PHẠM ĐÌNH KHIÊM, Người Chứng Thứ Nhất , Tinh Việt văn đoàn, Sài Gòn 1959, tr. 56.